Diese Version wurde als Raketentestreihe eingesetzt. Das erste bemannte Raketenflugzeug, das jemals gebaut wurde, war die Me 163 V1 Komet, die am 13. August 1941 in Karlshagen startete. Die Geschwindigkeit, die auf diesem ersten Flug erreicht wurde, betrug über 800 km/h, auch wenn nicht beabsichtigt war, eine hohe Geschwindigkeit zu erreichen. Dass diese schnelle Fahrt voller Gefahren war, ist wohl die Untertreibung des Jahrhunderts. Der Komet startete auf einem ungefederten Fahrgestell, das ausgeworfen wurde. Jede Bodenwelle auf der Straße kann einen vorzeitigen Start oder schlimmeres verursachen. Die für die Rakete verwendeten Flüssigkeiten waren so gefährlich, dass kleine Lecks im Cockpit tödlich sein konnten. Der Pilot musste einen speziellen Schutzanzug tragen, um nicht mit den Dämpfen in Kontakt zu kommen. Die Flüssigkeit war auch sehr instabil und verursachte später im Programm viele Explosionen. Bei einem späteren Testflug am 2. Oktober 1941 wurde der Komet von einer Bf 110 auf 4.000 m geschleppt. Der Motor wurde gezündet, und nach der Beschleunigung verlor der Pilot die Kontrolle über das Flugzeug, als die Nase plötzlich und heftig fiel. Es war wahrscheinlich der erste Flug, bei dem ein Flugzeug im Horizontalflug in der Nähe der Schallgeschwindigkeit war.

Die Brennstoffe wurden während des Testprogramms gewechselt. Der ursprüngliche Z-Stoff (eine Lösung von Calciumpermanganat in Wasser) wurde durch C-Stoff (30% Hydrazinhydrat, 57% Methylalkohol, 13% Wasser), eine sehr giftige Substanz, ersetzt. Die Versuche mit dieser Kombination endeten zweimal abrupt, als die Motoren mit einer solchen Kraft explodierten, dass das Testgebäude, in dem der Motor untergebracht war, völlig zerstört wurde. Und das war nicht einmal beim Start, dem kritischsten Teil des Fluges. Die Triebwerke, die mit den neuen Kraftstoffen getestet wurden, waren Walter R II-211 drosselbare Raketentriebwerke, später bekannt als Walter HWK 109-509A.

Die zweitkritischste Zeit des Fluges war die Landung. Da es sich im Wesentlichen um ein Segelflugzeug handelte, reagierte es stark auf Winde. Wäre der Komet nicht starr im Wind, würde er umherfliegen und vielleicht sogar umkippen. Das Ruder war bei niedrigen Geschwindigkeiten nutzlos. Wie bei den Starts kann auch hier jede Bodenwelle zu Problemen führen.