Mit der Version Me 163B wurde die erste funktionsfähige Version erstellt. Die Me 163B unterschied sich in einigen Punkten von den Me 163A Versionen. Diese Version war mit 2 × 20 MG 151/20 Kanonen bewaffnet. Die Richtungskontrolle wurde durch ein konventionelleres Ruder ausgeübt, und Neigung und Drehung wurden durch die Höhenruder gesteuert.

Die Me 163B hatte einen Kraftstoffverbrauch von 5 kg T-Stoff pro Sekunde. Eine Betriebszeit von 12 Minuten war erforderlich, aber die ursprünglich geplanten Treibstofftanks waren nicht ausreichend. Bei der Konstruktion der Treibstofftanks wurde geschätzt, dass der T-Stoff-Verbrauch nur 2,75 kg pro Sekunde betragen würde, was bedeutete, dass die T-Stoff-Behälter der Me 163B 1.160 Liter enthalten mussten. Zusätzlich wurden 492 Liter C-Stoff in vier Flügeltanks gelagert. Die ersten Verbrauchsschätzungen führten dazu, dass der Komet drei Minuten mit Vollgas auf 12.000 m klettern konnte, woraufhin der Motor zurückgedrosselt wurde, um die verbleibenden neun Minuten Vollgasleistung für 30 Minuten in gedrosselte Reisegeschwindigkeit bei 950 km/h für einen taktischen Radius von 240 km einzusetzen. Dass dies aufgrund des erhöhten Kraftstoffverbrauchs nicht möglich war, versteht sich von selbst.

Es wurden 6 Prototypen und 70 Vorserienflugzeuge (Me 163B-0) bestellt, von denen 30 Stück als Versuchsflugzeuge mit Versuchsziffern (V1, V2, etc.) eingesetzt wurden. Da der Raketentriebwerk noch in den Prüfstandsversuchen war, wurden die ersten Flugversuche in Form von Segelflügen durchgeführt. Als der Motor endlich verfügbar wurde, war es bereits der Sommer 1943.