Dies war die erste echte Produktionsserie. Die Me 163B1-a’s waren mit 2 × 30 mm MK 108 in den Flügelwurzeln mit jeweils 60 Schuss bewaffnet. Da die Bombenangriffe der Alliierten bereits viele Lagerräume der Flugzeugzellen zerstört hatten, war die Produktion weit verstreut und alle wichtigen Komponenten wurden mit bewachten Zügen an einen sicheren Ort im Schwarzwald transportiert. Dort wurden die Flugzeuge zusammengebaut und von dort mit versiegelten Waggons nach Lechfeld, einem Testflugzentrum, transportiert. Aufgrund dieses schwierigen Bauprozesses kam die erste Me 163B1-a erst im Februar 1944 zum Erstflug. Im Juli 1944 wurden nur noch 16 Flugzeuge von der Luftwaffe angenommen.